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Les disques durs hébergent des quantités de données gigantesques, c'est pourquoi une structure est chargée d'inventorier, d'organiser et de localiser toutes ces données. Cette structure est appelée Système de fichiers. Il permet un chemin d'accès au contenu du fichier.
Il y a un seul système de fichiers par partition. Tous les supports de stockage comme les clés USB, CD etc. doivent être pourvus de système de fichiers.

Sous Windows, on distingue FAT16, FAT32, NTFS et futurement WinFS (Vista).
Sous Linux, ce sont EXT2, EXT3 et ReiserFS les systèmes de fichiers les plus courants.